Di Kota Akademi, sihir dan sains hidup berdampingan dalam perebutan kekuasaan yang tak tergoyahkan. Toma Kamijo, seorang siswa yang kurang mampu secara akademis di Kota Akademi, menggunakan kekuatan Imagine Breaker di tangan kanannya, yang memungkinkannya untuk sepenuhnya meniadakan semua kekuatan supernatural – serta keberuntungannya sendiri. Ketika ia bertemu dengan seorang biarawati misterius bernama Index, yang pikirannya telah ditanamkan Index Librorum Prohibitorum – 103.000 teks kuno yang dilarang oleh Gereja – keberuntungan Toma akan mencapai batasnya ketika ia menemukan dirinya di tengah-tengah perang yang tidak pernah ia duga!   Sequel : Toaru Majutsu no Index: New Testament 

Tokoh protagonis Vaito, yang bereinkarnasi sebagai penyihir manusia serigala, menjadi Wakil Komandan Divisi Ketiga Pasukan Raja Iblis. Setelah merebut kota perdagangan perbatasan, ia bertugas mengendalikan dan melindunginya. Dulunya manusia, sekarang monster, dia mengerti perasaan manusia dan juga perasaan monster. Berkat itu dia dianggap sebagai komandan hebat yang memiliki kebijaksanaan dan keberanian oleh orang lain, tetapi pada kenyataannya itu hanyalah satu kesulitan demi kesulitan: Membuat para iblis yang gemar melakukan kekerasan patuh, melakukan sesuatu terhadap manusia yang selalu mengeluh, hari ini dia juga bekerja keras sebagai pemimpin utama pasukan iblis.

Hajime Nagumo yang berusia tujuh belas tahun adalah otaku biasa. Namun, kehidupan sederhananya yang begadang semalaman dan tidur di sekolah tiba-tiba berubah ketika dia, bersama dengan teman-teman sekelasnya, dipanggil ke dunia fantasi! Mereka diperlakukan seperti pahlawan dan ditugaskan untuk menyelamatkan umat manusia dari kepunahan total. Tapi apa yang seharusnya menjadi mimpi basah otaku dengan cepat berubah menjadi mimpi buruk Hajime. Sementara teman-teman sekelasnya diberkati dengan kekuatan seperti dewa, pekerjaan Hajime, Sinergis, hanya memiliki satu keterampilan transmutasi. Diejek dan dibully oleh teman-teman sekelasnya karena lemah, dia segera menemukan dirinya dalam keputusasaan. Akankah dia bisa bertahan hidup di dunia monster dan iblis yang berbahaya ini hanya dengan kekuatan setara pandai besi?