Sequel dari novel : Toaru Majutsu no Index   Perang Dunia Ketiga telah berakhir berkat usaha Kamijou Touma. Dengan itu, dia menghilang. Dengan berkumpulnya kembali Sisi Sihir, hari Sabat bagi para pengikut mereka telah tiba. Di markas besar Sisi Sains, Akselerator Esper Level 5 terkuat di Academy City telah melepaskan diri dari “Kegelapan.” Bersama dengan Last Order dan Misaka Worst, hari-harinya berlalu dengan damai tanpa tanda-tanda adanya GROUP. Hamazura Shiage telah membentuk ITEM baru dengan Kinuhata, Takitsubo, dan Mugino. Kedamaian telah sampai di tangan para alumni yang telah “lulus” dari Sisi Gelap Akademi pada akhirnya… setidaknya sampai “mahasiswa tahun pertama” jahat baru muncul di hadapan mereka. — Ini adalah tindak lanjut dari seri novel ringan Toaru Majutsu no Index yang populer, di mana Kamachi-Sensei telah berjanji untuk memberikan premis baru dan memberikan rasa yang benar-benar baru pada pertarungan dan perkembangan plot

Viola, putri seorang viscount, ingin memutuskan pertunangannya dengan Philip, seorang duke, karena hal itu hanya akan merugikannya. Lalu, setelah mengalami kecelakaan, dia memutuskan untuk berpura-pura amnesia. Namun, Viola tiba-tiba kewalahan oleh Philip ketika dia mengucapkan kebohongan yang tidak dapat dipahami seperti, “Kau dan aku saling jatuh cinta,” “Saat kita berdua, kau biasa memanggilku Phil.” Saat berpura-pura mengalami amnesia, dia akhirnya terjebak dalam situasi aneh.

Tokoh utama kita adalah seorang mahasiswa yang gemar bermain sebagai Arachnea, faksi yang berpihak pada kejahatan, dalam gim strategi real-time favoritnya. Suatu hari, ia menemukan dirinya berada di dunia yang mirip dengan dunia dalam gim tersebut; selain itu, tubuhnya kini menjadi tubuh seorang gadis berusia empat belas tahun. Meskipun situasinya sedikit berbeda dari yang ada di dalam game, satu elemennya tetap sama: dia adalah pemimpin Arachnea. Serangga yang berada di bawah kendalinya, yang secara kolektif dikenal sebagai Swarm, memujinya dan memohon padanya untuk memimpin mereka menuju kemenangan. Agar dapat bertahan hidup, dia membesarkan Swarm-nya dan menjalin hubungan persahabatan dengan para elf di hutan tetangga. Namun, setelah pedagang budak melakukan perjalanan melalui hutan dan membunuh salah satu kawanannya serta para kesatria kerajaan di dekatnya yang membakar desa elf dan membantai penduduknya, ia bersiap untuk melancarkan serangan balik atas nama balas dendam. Namun, balas dendam hanyalah kepura-puraan untuk menyerang negara-negara di dunia ini. Perintahnya sangat kuat dan tegas, seperti orang yang telah memainkan game ini di kehidupan nyata…